Prace zostały ukończone w 1904.

Utworzony w 1909 Warszawski Oddział Cesarskiego Towarzystwa Żeglugi nie zdołał rozwinąć szerszej działalności do wybuchu I wojny światowej.

Lata 1918–1989 Port Czerniakowski stracił swoje znaczenie po zbudowaniu w okresie międzywojennym Portu Praskiego. Przekształcił się w stocznię rzeczną oraz miejsce zimowania statków i barek.

Przed II wojną światową wodowano tu i remontowano statki parowe i barki do 65 metrów długości.

Po wybuchu powstania warszawskiego Port Czerniakowski został zajęty i broniony przez żołnierzy ze Zgrupowania „Kryska”. 13 września 1944, pod naporem ostrzału z karabinów maszynowych prowadzonego m.in. z wysokiego budynku szkół powszechnych przy ul. Czerniakowskiej 128, powstańcy wycofali się z portu.

Stocznia rzeczna była jednym z pierwszych zakładów uruchomionych w Warszawie po wyzwoleniu w 1945. Funkcjonowała wtedy jako warsztat mechaniczno-remontowy. Na bazie Warsztatów Stoczniowych Okręgowego Zarządu Wodnego utworzono przedsiębiorstwo Warszawska Stocznia Rzeczna. W latach 1951–1958 produkowano w niej barki. Wykonywano również remonty kapitalne taboru pływającego po Wiśle.