W latach 1958–1965 zbudowano 24 pchacze barek typu „Żubr” i 30 małych śródlądowych statków pasażerskich przystosowanych do pływania po jeziorach.
Ostatnim statkiem wykonanym i zwodowanym w Warszawskiej Stoczni Rzecznej była jednostka wyprodukowana dla celów realizacji filmu „Faraon” (1965) Jerzego Kawalerowicza. Wykonano wtedy statek egipski według rysunków sprzed 4 tys. lat.
Warszawska Stocznia Rzeczna została zlikwidowana w 1965. Zdemontowane urządzenia techniczne przeniesiono do Państwowej Stoczni Rzecznej w Radziwiu.
Plany z lat 70. stworzenia portu turystycznego zrealizowano w niewielkim stopniu. Przeprowadzono operację podniesienia poziomu części powierzchni Cypla Czerniakowskiego o cztery metry. W latach 1972–1974 port przecięła Trasa Łazienkowska z mostem Łazienkowskim. Zrezygnowano z realizacji projektu zasypania basenu portu gruzem, dzięki czemu zachował się czytelny zabytkowy układ portu.
Po 1989 Port jest użytkowany przez kajakarzy i wioślarzy Warszawskiego Towarzystwa Wioślarskiego oraz został przygotowany do cumowania jachtów. Znajduje się tam przystań dla żaglówek wyposażona w punkty dostępowe.
W 2010 rozstrzygnięto konkurs na opracowanie koncepcji zagospodarowania przestrzennego obszaru Portu i Cypla Czerniakowskiego.