W 1881 r. został mianowany na rzeczywistego tajnego radcę, co umożliwiło mu zastępowanie wielokrotnie ministra komunikacji (1886–1887). Sześćdziesięciolecie pracy (1889) zaowocowało honorowym członkostwem w: Instytucie Inżynierów Komunikacji w Petersburgu, który ufundował także trzy stypendia jego imienia Stowarzyszeniu Inżynierów Komunikacji, które ustanowiło również nagrodę imienia Stanisława Kierbedzia, nadawaną co 3 lata za najlepsze artykuły techniczne. Stypendium imienia Kierbedzia ufundowane zostało także przez warszawski Instytut Politechniczny.
8 sierpnia 1891 Stanisław Kierbedź podał się do dymisji i zamieszkał na stałe w Warszawie.
Ostatnie lata życia thumb|upright|Grób inż. Stanisława Kierbedzia na Starych Powązkach w Warszawie|alt=Duży grób na tle zielonych drzew. Jest to grobowiec rodzinny rodziny Kierbedziów. Grób ma kształt graniastosłupa z mosiężnymi literami i okrągłym portretem Stanisława Kierbedzia. Na dole grób jest szerszy, o prostych geometrycznych kształtach Mimo że Kierbedź osiągnął wysokie stanowiska, to nigdy nie zapomniał o swym pochodzeniu. Jego dom w Petersburgu był ośrodkiem Polonii, a w pracy zawodowej starał się otaczać współpracownikami pochodzenia polskiego.