Po zakończeniu kariery zawodowej pełnił funkcję prezesa walnych zebrań Warszawskiego Towarzystwa Zwolenników Homeopatii, któremu pozostawił swoją cenną bibliotekę. Księgozbiór techniczny jeszcze za życia podarował bibliotece Politechniki Lwowskiej. W 1891 roku przeszedł na emeryturę, osiedlił się w Polsce i, najprawdopodobniej wtedy, zakupił 143-hektarowy majątek Ołtarzew z dworem i zabudowaniami. Celem zakupu było ratowanie polskiego rzemiosła poprzez parcelację majątku i sprzedaż działek na dogodnych warunkach rzemieślnikom. W ten sposób miał powstać silny ośrodek rzemieślniczy w pobliżu Warszawy. Stanisław Kierbedź uzyskał od władz carskich potrzebne zgody, jednak wkrótce potem zmarł. Jego zamierzenia zostały zrealizowane przez Towarzystwo Miłośników OłtarzewaStefan Lewandowski: Dzieje Ziemi Ożarowskiej, Ożarów Mazowiecki 2007, , s 145, 195–197..
Pogrzeb Stanisława Kierbedzia odbył się 24 kwietnia 1899 roku. Po nabożeństwie w kościele św. Krzyża został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera M-5/6-18)Cmentarz Powązkowski (Stare Powązki) w Warszawie – Pochowani na Cmentarzu Powązkowskim – Eugenia Kierbedź, Stare Powązki, dostęp 23 listopada 2017..