Czas panowania Henryka to okres nasilonej walki z herezją lollardów. Walkę tę Henryk podjął chcąc zjednać sobie Kościół. Efektem starań Henryka było wydanie przez Parlament w 1401 r. statutu De heretico comburendo. Przewidywał on karę śmierci za tłumaczenie i interpretację Biblii. Na tej podstawie w 1409 r. arcybiskup Arundel wydał konstytucję oksfordzkie, które zaostrzały kary dla heretyków.
Spiski i rebelie Panowanie Henryka upłynęło na zwalczaniu kolejnych spisków, powstań i rebelii. Wywoływali je zarówno stronnicy obalonego Ryszarda II, jak również byli zwolennicy Henryka, którzy poczuli się zawiedzeni jego rządami, głównie nieotrzymaniem zaszczytów o jakich marzyli przystępując do pretendenta w 1399 r.
Pierwszą otwartą rebelię za rządów nowego króla wywołał walijski książę Owen Glendower, który 16 września 1400 r. obwołał się księciem Walii. Rebelia była spowodowana sporem z Reynoldem de Greyem, zaufanym króla Henryka. W ciągu kilku dni Glendower opanował kilka zamków a w całej Walii rozpoczęła się walka partyzancka. Wieści o powstaniu zastały Henryka w drodze do Szkocji. Król zawrócił swoją armię i 26 września stanął w Shrewsbury. Następnie ruszył na północną Walię, jednak ataki Walijczyków i zła pogoda spowodowały, że w październiku król wycofał się.