Ten nie pozostawił po sobie desygnowanego następcy, lecz powierzył sprawę jego ustalenia Kleopatrze III, preferującej Ptolemeusza X. Kleopatra II przeforsowała jednak kandydaturę Ptolemeusza IX Sotera II. Następnie rządziła jako główna (najważniejsza) władczyni wraz z nim i córką Kleopatrą III aż do swej śmierci, która nastąpiła przed 06.IV.115 r. p.n.e.
Okresy panowania 173-170 p.n.e. z bratem Ptolemeuszem VI 170-163 p.n.e. dodatkowo z drugim bratem Ptolemeuszem VIII 163- sierpnia 145 p.n.e. ponownie z Ptolemeuszem VI od sierpnia 145 do września 145 p.n.e. z synem Ptolemeuszem VII od września 145 p.n.e. ponownie z Ptolemeuszem VIII i dodatkowo od 142 p.n.e. z córką Kleopatrą III 131-127 p.n.e. samodzielnie 127-124 p.n.e. na wygnaniu