Fyskon zemścił się okrutnie. Między marcem a wrześniem 130 r. p.n.e. kazał zabić ich syna, poćwiartować zwłoki i przesłać je w skrzyni do Aleksandrii jako prezent urodzinowy dla siostry-małżonki. Wieść o tej zbrodni roznieciła wściekłość i nienawiść przeciwko niemu. Ptolemeusz VIII od 131/130 r. p.n.e. zyskał popleczników w Egipcie poza Aleksandrią i rozpoczął działania przeciw siostrze. Kleopatra nie była popierana przez lud egipski, a jej władza opierała się jedynie na Grekach i Żydach. Nastąpił burzliwy okres wojny domowej, a źródła mówią, że Egipt przez jakiś czas był podzielony między dwoje władców. Zamknięta w Aleksandrii Kleopatra wezwała na pomoc swego zięcia Demetriusza II (męża Kleopatry Thei), króla Syrii. Obiecała tamtemu nawet tron egipski. Demetriuszowi nie udało się jednak dotrzeć do Aleksandrii o w 127 r. p.n.e. jego teściowa musiała uciekać na jego dwór do Syrii, zabierając ze sobą skarbiec. Po roku Aleksandria została zdobyta przez Fyskona i okrutnie ukarana. W Syrii tymczasem trwały walki o tron, a Ptolemeusz VIII wspierał przeciwnika Demetriusza, który w końcu został zamordowany w 125 r. p.n.e. W 124 r. p.n.e. pogodziła się z bratem i córką i ponownie rządzili razem do 28.VI.116 r. p.n.e., czyli do śmierci Ptolemeusza VIII.