We wrześniu 1939 dowódca 10 pułku strzelców konnych, pierwszej całkowicie zmotoryzowanej polskiej jednostki taktycznej.
W czasie kampanii wrześniowej, jego pułk przeprowadził udaną mobilizację w Łańcucie i walczył w składzie 10 Brygady Kawalerii płk. Stanisława Maczka w walkach w okolicach Pcimia, Lubnia i Myślenic. Później w okolicach Wojnicza i Tarnowa. Od 9 września 1939 pułk bronił Łańcuta. Następnie wycofał się w kierunku Jarosławia i dalej w kierunku Lwowa. 16 września 1939 roku w czasie walk w obronie Lwowa, pod Zboiskami, płk Bokszczanin został ciężko ranny i zmuszony był opuścić pułk. Odwieziony został do szpitala w Dublanach, a następnie przedostał się do Warszawy.
W czasie okupacji, w lutym 1940 wstąpił do Związku Walki Zbrojnej, później przekształconego w AK. W maju był aresztowany w łapance i przebywał na Pawiaku oraz w przejściowym obozie przy ul. Skaryszewskiej. W październiku po „kwarantannie” został zwolniony i powrócił do działalności w ZWZ. Rozkazem Naczelnego Wodza z 24/25 marca 1943 mianowany pułkownikiem służby stałej ze starszeństwem z dniem 20 marca tego roku. Do 1943 był szefem Referatu Broni Szybkich lub Wojsk Pancernych w Oddziale III (Operacyjno-Szkoleniowym) Komendy Głównej Armii Krajowej. W 1944 przygotowywał akcję „Burza” – przejścia AK do działań zaczepnych.