Został szefem Oddziału III i z dniem 5 lipca II zastępcąRozkaz L.1307 z 13 lipca 1944 r. szefa sztabu Komendy Głównej AK. W dniu 31 lipca 1944 roku wziął udział w porannej naradzie w Komendzie Głównej AK na ulicy Pańskiej, na której publicznie wypowiadał się przeciwko decyzji o wybuchu Powstania Warszawskiego. Przed wybuchem powstania przebywał w Boernerowie. W czasie powstania warszawskiego bezskutecznie próbował się przebić do stolicy. Został ranny i wywieziony na roboty przymusowe do Niemiec. W końcu września 1944 udało mu się uciec i powrócić do kraju. Od października 1944 był szefem Sztabu KG AK, od kwietnia 1945 – zastępcą Delegata Sił Zbrojnych na Kraj. Wstąpił do organizacji Wolność i Niezawisłość, w październiku 1945 opuścił kraj jako jej emisariusz i udał się do Londynu, skąd po rocznym pobycie osiadł na jesieni 1946 w Paryżu. Do 1953 był członkiem delegatury WiN-u za granicą.