W 1795 roku po III rozbiorze Polski tereny te zajęli Austriacy. W 1796 roku zaborcy skonfiskowali dobra biskupie, a następnie przygotowali reorganizację administracji kościelnej. W 1803 roku cesarz Franciszek II zatwierdził projekt zniesienia diecezji chełmskiej i utworzenia diecezji lubelskiej. 9 czerwca 1805 roku na mocy bulli papieża Piusa VII Indefensum personarum wyłączono 3 dekanaty (Chodel, Urzędów, Zaklików) z 44 parafiami do nowo utworzonej diecezji kieleckiej.
23 września 1805 roku na mocy bulli papieża Piusa VII Quemadmodum Romanorum Pontificum zniesiono diecezję chełmską i utworzono nową diecezję lubelską. Pierwszym biskupem został dotychczasowy biskup chełmski bp Wojciech Józef Skarszewski. Diecezja była podzielona na 17 dekanatów z 214 parafiami i było ok. 330 000 wiernych.
W 1867 roku do diecezji lubelskiej przyłączono 9 dekanatów ze skasowanej ukazem carskim diecezji janowskiej. W latach 1867–1889 biskupi lubelscy byli administratorami diecezji janowskiej. 30 grudnia 1889 roku papież Leon XIII przyłączył kanonicznie diecezję janowską do lubelskiej. 24 września 1918 roku papież Benedykt XV reaktywował diecezję janowską.