Pierwszym znaczącym dziełem Borrominiego był klasztor i kościół San Carlo alle Quattro Fontane w Rzymie, wzniesione w latach 1638-41 na małej i nieregularnej parceli. Dziedziniec klasztorny otrzymał kształt prostokąta ze ściętymi narożnikami i otoczony jest przez dwukondygnacyjne loggie. Kościół wzniósł na planie elipsy. W fasadę zaopatrzył go znacznie później, gdyż zaraz po ukończeniu budowy nie było na to środków. Nie zdążył jej jednak skończyć, gdyż prowadzone od 1665 prace przerwała dwa lata później jego śmierć i ostatecznie koniec budowy przypadł na rok 1685. Fasada składa się z niezwykle płynnych form, pozbawiona jest prostych kątów. Również w fasadzie oratorium filipinów wykorzystał linię falistą – cała jej powierzchnia jest wklęsła, a środkowa partia parteru i pierwszego piętra – wypukła.
W 1642 rozpoczął prace przy kościele św. Iwona (Sant’Ivo), obecnie uniwersyteckim. Borromini musiał swoją budowlę dostosować do już istniejącego dziedzińca zamkniętego z trzech stron filarowymi loggiami Giacoma della Porty. Podziały poziome lekko wklęsłej fasady kościoła przeprowadził zgodnie z przebiegiem podziałów loggii.