W 1996 była w III rundzie Australian Open, ponownie pokonując Kimiko Date. Na turnieju w Hobart doszła w tymże roku po raz drugi do finału (w ćwierćfinale pokonując wyżej notowaną rodaczkę Sugiyamę), ale tym razem przegrała decydujący mecz z Francuzką Julie Halard. Łącznie zaliczyła - oprócz zwycięstwa i finału w Hobart - trzy półfinały turniejowe oraz pięć ćwierćfinałów w cyklu WTA Tour oraz cztery wygrane turnieje ITF Women's Circuit, a w 1/16 finału turniejów wielkoszlemowych była również na French Open i Wimbledonie w 1992. W pierwszej setce rankingu światowego figurowała w latach 1992-1997. Zarobiła na kortach ponad 460 tysięcy dolarów. Oprócz bardziej znanych rodaczek Dato i Sugiyamy oraz Amerykanki Davenport udało się jej także pokonać m.in. Pam Shriver.
W grze podwójnej osiągnięcia Endō są skromniejsze - zaliczyła jeden półfinał turniejowy WTA Tour, w Osace w 1994 (w parze z Naoko Sawamatsu). W styczniu 1998 zajmowała 98. miejsce w rankingu światowym deblistek. W latach 1992–1995 Mana Endō występowała w reprezentacji narodowej w Pucharze Federacji, zarówno w grze pojedynczej, jak i podwójnej (jako partnerka Nany Miyagi i Mayi Kidowaki).