W pierwszej kolejności kazał usunąć wszystkie drewniane elementy umocnień, zastępując je murowanymi, następnie przeprowadził renowację obu pałaców, a w końcu dobudował nowe skrzydło w dolnej części zamku.
W 1574 roku zamek odziedziczył 8-letni syn Franciszka, Jerzy. Podczas jego nieobecności sprawy zamku i grodowych posiadłości prowadził Jerzy Abaffy. W tym czasie na Węgrzech wybuchło kolejne powstanie antyhabsburskie. Jerzy Thurzo nie przystał do powstańców i pozostał wierny cesarzowi Rudolfowi II. W nagrodę za taką postawę został obdarowany w 1606 roku Orawą z zamkiem oraz godnością żupana. Odtąd majątek ten miał stanowić na długie lata własność rodową Thurzonów.
Jerzy dokończył budowę przedzamcza, a w południowym narożniku zamku dolnego polecił wznieść bastion działowy, który wraz z nową bramą i łączącymi się z nimi murami miał stanowić jądro obrony wejściowej strefy zamku. Od 1616 roku wdowa po Jerzym, Elżbieta Coborowa, sprawowała zarząd majątkiem, a po dojściu do pełnoletniości zarządzał nim ich syn – Emeryk. W przeciwieństwie do ojca, Emeryk Thurzo sprzyjał antyhabsburskiemu spiskowi. Zmarł w 1621 roku, a wraz z jego śmiercią wymarł ród Thurzonów po mieczu.