Melanchton przyczynił się do zwiększenia roli matematyki w toku studiów uniwersyteckich. W uniwersytetach znajdujących się pod jego wpływem matematykę uznawano za dziedzinę, w której biegłość powinien wykazywać każdy wykształcony człowiek, a nie jedynie domenę specjalistów. Na początku swojej działalności, w 1521 roku, proponował zastąpienie lektury Fizyki Arystotelesa kursem matematyki. Szczególne znaczenie przypisywał astronomii, która znacząco rozwinęła się na protestanckich uniwersytetach (m.in. na Uniwersytecie w Tybindze, macierzystej uczelni Johannesa Keplera).

Przez wiele lat przypisywano mu autorstwo słowa „psychologia”Na przykład można tę informację znaleźć jeszcze w encyklopedii z 1967 r. Zob. Praca zbiorowa: Wielka Encyklopedia Powszechna PWN, Państwowe Wydawnictwo Naukowe, Warszawa 1967, s. 587.. Stało się tak dzięki Wilhelmowi Volkmannowi, który rozpowszechnił to stwierdzenie. W 1879 roku André Lalande sprawdził tę informację i odkrył, że w żadnym z dzieł Melanchtona słowo „psychologia” nie było użyte. Przyczyną tej pomyłki było dziewiętnastowieczne wydanie dzieł Melanchtona, a przede wszystkim wstęp Cardusa G. Bretschneidera poprzedzający księgę „Liber de anima”. Bretschneider napisał tam: „Ta księga Melanchtona, pierwszego pośród znanych Niemców, traktuje o psychologii”.