W 1977 w plebiscycie czytelników Płomyka otrzymał „Orle Pióro”. W 1988 Wielki las wyróżniono nagrodą Stowarzyszenia Księgarzy Polskich, a w 1991 pisarza uhonorowano nagrodą za twórczość dla dzieci i młodzieży. Kilka powieści Zbigniewa Nienackiego doczekało się adaptacji filmowej. Stanisław Jędryka w 1965 nakręcił Wyspę złoczyńców, Jerzy Passendorfer Akcję Brutus według Worka Judaszów, a w telewizji pojawił się serial Samochodzik i templariusze ze Stanisławem Mikulskim w roli głównej. Z kolei Janusz Kidawa nakręcił film Pan Samochodzik i niesamowity dwór, Kazimierz Tarnas Pan Samochodzik i praskie tajemnice (filmowa wersja Tajemnicy tajemnic), a w 1991 Janusz Kidawa Latające machiny kontra Pan Samochodzik (filmowa wersja Złotej rękawicy).
Jego książki przełożono na wiele języków: niemiecki, rosyjski, ukraiński, czeski, słowacki, bułgarski, węgierski, gruziński, ormiański, baszkirski i kirgiski. W 2024 roku powieści z serii Pan Samochodzik zaczęły się ukazywać również w języku angielskim.