Od początku roku 1942 do sierpnia 1943 przebywał w majątku rodzinnym swojej żony w Szajkunach. Po tym okresie zaangażował się całkowicie w konspirację.
Na czele 5 Wileńskiej Brygady AK
thumb|5 Wileńska Brygada Armii Krajowej w marszu. Od lewej: rtm. Zygmunt Szendzielarz – „Łupaszka”, kapelan – ks. Aleksander Grabowski „Ksiądz Ignac” (piąty z lewej), dowódca 1 kompanii 5 Brygady – ppor. Wiktor Wiącek „Rakoczy” (szósty z lewej), por. Grabowski „Pancerny” (dziewiąty z lewej) i ppor. Sergiusz Sprudin – fotoreporter z Komendy Okręgu Wileńskiego AK W kwietniu lub maju 1943 roku znalazł się w bezpośredniej dyspozycji Komendy Okręgu Wileńskiego AK, która pod koniec sierpnia tego roku oddelegowała go na dowódcę do pierwszego oddziału partyzanckiego AK na Wileńszczyźnie, dowodzonego wcześniej przez ppor. Antoniego Burzyńskiego ps. „Kmicic”. 26 sierpnia, podczas uzgadniania szczegółów dotyczących wspólnej akcji oddziału „Kmicica” i dowodzonej przez Fiodora Markowa Brygady im. Woroszyłowa na Miadzioł, w bazie partyzantki sowieckiej doszło do rozbrojenia i aresztowania sztabu „Kmicica”. Porucznik Burzyński został zamordowany, a jego partyzantów przesłuchano i podzielono na trzy grupy, z których jedną, 50-osobową, rozstrzelano. Na przełomie września i października 1943 roku oddział por. Szendzielarza liczył już ok. 100 ludzi.