Przyjął on nazwę 5 Wileńskiej Brygady AK, zwanej też nieoficjalnie „Brygadą Śmierci”. Brygada operowała na terenie na północny wschód od Wilna. Prowadziła ona walki zarówno z Niemcami i ich litewskimi sojusznikami, jak też partyzantką sowiecką. 25 stycznia 1944 por. Szendzielarz uczestniczył w rozmowach we wsi Swejginie między przedstawicielami Okręgu Wileńskiego AK (w tym występującego incognito ppłk. Aleksandra Krzyżanowskiego) i niemieckich władz wojskowych. W kolejnych rozmowach z Wehrmachtem w lutym 1944 w Wilnie nie brał już udziału. Mimo to w okresie powojennym niektórzy emigracyjni publicyści i komuniści w kraju oskarżali go o kolaborację z Niemcami.
Na początku kwietnia 1944 roku, po odprawie w komendzie Okręgu, został przypadkowo aresztowany u swojej teściowej przez Saugumę (litewską policję polityczną), która przekazała go władzom niemieckim. Niemcy zaproponowali mu wówczas zaprzestanie walk i wspólną akcję przeciwko sowieckiej partyzantce, a w zamian dostawy uzbrojenia. Por. Szendzielarz odmówił, zasłaniając się brakiem pełnomocnictw do czynienia tego typu ustaleń. Pod koniec kwietnia został zwolniony, najprawdopodobniej przez samych Niemców, którzy potraktowali ten gest jako akt dobrej woli wobec komendy Okręgu, mając nadzieję na nawiązanie ponownych kontaktów.