W 2001 roku znalazł zatrudnienie w Bayerze 04 Leverkusen. Już w pierwszym sezonie udało mu się doprowadzić Aptekarzy do finałów Pucharu Niemiec i Pucharu Mistrzów. W obu przegrali (najpierw 2:4 z FC Schalke 04, a kilka dni później ulegli 1:2 Realowi Madryt), ponadto zajęli drugie miejsce w lidze, i dlatego drużynę, w której występowali wówczas Michael Ballack, Hans-Jörg Butt, Lúcio, czy Bernd Schneider, dziennikarze ochrzcili mianem Neverkusen. W kolejnym sezonie ten sam zespół musiał jednak bronić się przed spadkiem. Toppmöllera zdymisjonowano po dwudziestej pierwszej kolejce.
Na początku rozgrywek 2003–2004 został trenerem Hamburgera SV. Na finiszu sezonu hamburczycy zajęli ósme miejsce. Kilka miesięcy później trenerowi podziękowano za współpracę.
Od stycznia 2006 do kwietnia 2008 roku był selekcjonerem reprezentacji Gruzji.
Sukcesy szkoleniowe awans do Bundesligi w sezonie 1995–1996 z VfL Bochum wicemistrzostwo Niemiec 2002, finał Pucharu Niemiec 2002 oraz finał Pucharu Mistrzów 2002 z Bayerem Leverkusen
Przypisy
Bibliografia Profil na Fussballdaten.de