Spowodowało to gniew Demetriusza, który zwołał synod na którym żądał unieważnienia święceń przyjętych bez zgody miejscowego biskupa i dobrowolnej kastracji oraz zarzucił Orygenesowi kontrowersyjne, wręcz heretyckie tezy. Synod przegłosował te wnioski, a Orygenes w 232 roku wyjechał z Aleksandrii do Cezarei.
Założył tam własną szkołę i skupiał się na nauczaniu i pisaniu traktatów i listów, a także brał udział w synodach jako ekspert. Działająca przy szkole biblioteka miała opinię najlepszej biblioteki teologicznej w końcu starożytności. Jego uczniami byli Grzegorz Cudotwórca i jego brat Atenodor. Około 245 roku zgodził się aby jego kazania były stenografowane. W latach 250-251, za panowania Decjusza rozpoczęły się prześladowania chrześcijan, których ofiarą padł także Orygenes. Został wtrącony do więzienia i był torturowany. Pomimo że przeżył ten epizod, to jego stan zdrowia znacznie się pogorszył i wkrótce potem zmarł. Miało to miejsce około 253 roku w Cezarei albo Tyrze.
Jest uznawany za świętego przez Koptyjski Kościół Ortodoksyjny.