Pod koniec XV wieku kościół zostaje uszkodzony przez pożar. Podczas remontu nadano świątyni charakter gotycki, a około 1512 za komandora Stanisława Dłuskiego dobudowano od północy nawę boczną, dodano wieżę, a drewniany strop zastąpiono sklepieniem. Kolejny remont w latach 1719–1740 trwał z inicjatywy komandora i generała Wojska Polskiego Michała Dąbrowskiego, który w 1736 wzniósł od południa barokową kaplicę grobową pw. Krzyża Świętego. W 1832 rząd pruski dokonał kasaty zakonu, a kościół przekazano diecezji która utworzyła tu parafię (według innych źródeł parafia istniała tu już od połowy XIII wieku).
W latach międzywojennych kościół był w bardzo złym stanie technicznym, w związku z czym w 1926 rozpoczęto jego remont pod kierunkiem Stefana Cybichowskiego, m.in. zmieniono pokrycie dachu i zabezpieczono zawilgotniałe mury. Otynkowano też zewnętrzne ściany, z wyjątkiem fasady, która zachowała charakter średniowieczny. Sklepienie beczkowe (XVI wiek) zastąpiono krzyżowym. Całość prac znalazła bardzo korzystną recenzję na łamach czasopisma „Sztuki Piękne”Magdalena Jarzewicz, Ochrona zabytków w międzywojennym Poznaniu, w: „Kronika Miasta Poznania”, nr 3-4/1993, s.254-255, ISSN 0137-3552.