Podczas II wojny światowej kościół zamieniony był na magazyn i warsztaty krawieckieEwa Kłodzińska, Remont kościoła św. Jana Jerozolimskiego. Wiele się dzieje, w: „My. Czasopismo mieszkańców”, nr 10(202)/2017, Pro Publico, Poznań, s.7, ISSN 1641-6813. Został uszkodzony podczas walk w 1945. Odbudowany w 1948 z inicjatywy ks. Władysława Koperskiego. Podczas renowacji starano się przywrócić pierwotny, romański charakter budowli. W 1992 na teren parafii powrócili joannici (proboszcz jest kapelanem magistralnym zakonu), którzy otworzyli tu przychodnię onkologiczną. W latach 2017–2018 obiekt przeszedł generalny remont, podczas którego m.in. odrestaurowano organy przedsiębiorstwa Müller i Ackerman z Wrocławia (jedyne w Polsce tej firmy zachowane w pierwotnym kształcie muzycznym i technicznym, a zbudowano ich na ziemiach polskich sześćdziesiątEwa Kłodzińska, Remont kościoła św. Jana Jerozolimskiego. Wkrótce zabrzmią organy, w: „My. Czasopismo mieszkańców”, nr 2(218)/2019, Pro Publico, Poznań, s.7, ISSN 1641-6813), odkryto fragmenty muru z okresu przedchrześcijańskiegoEwa Kłodzińska, Remont kościoła św. Jana Jerozolimskiego. Ślady pogaństwa?, w: „My. Czasopismo mieszkańców”, nr 11(215)/2018, Pro Publico, Poznań, s.5, ISSN 1641-6813, pierwotne barwy łuku tęczowegoEwa Kłodzińska, Remont kościoła św. Jana Jerozolimskiego.