W kolejnych latach przygotowano wstępną wycenę kosztów budowy, a także pełną dokumentację geologiczno-inżynierską dla inwestycji Muzeum w lokalizacji nad Trasą Łazienkowską. W maju 2014 r. złożono wniosek o decyzję w sprawie warunków zabudowy dla inwestycji. We wrześniu 2014 r. ówczesna szefowa MKiDN prof. Małgorzata Omilanowska stwierdziła, że dotychczasowe ustalenia będą wymagały weryfikacji. W 2015 r. pojawił się pomysł budowy Muzeum na Cytadeli Warszawskiej oraz finansowaniu inwestycji przez rząd. Zostało to formalnie potwierdzone uchwałą Rady Ministrów z 21 lipca 2015 roku.
MKiDN pod kierownictwem Piotra Glińskiego, od jesieni 2015 r. okazało gotowość do zasadniczego przyspieszenia prac nad budową gmachu Muzeum oraz przygotowaniem jego wystawy stałej. Budynek na warszawskiej Cytadeli miał powstać według zmodyfikowanego projektu przygotowanego wcześniej dla siedziby Muzeum Wojska Polskiego.
Wbrew ustawie o finansach publicznych, zgodnie z którą programy wieloletnie ustanawia rząd, w 2016 r. minister kultury wprowadził zasadnicze zmiany w projekcie, które zostały zaakceptowane przez rząd w październiku 2017 r. Zmiany polegały na dwukrotnym zwiększeniu powierzchni placówki, podwyższenie kosztów inwestycji o ok. 113% i przedłużenie budowy o rok.