Napięte stosunki między Mary-Jane i Shelley zaogniły się jeszcze po urodzinach Williama Juniora. Zazdrosna o ojca Mary wszczynała spory i kłótnie, których celem było osłabienie pozycji macochy. Rodzinny konflikt odbił się na zdrowiu dziewczynki – na jej dłoniach i przedramionach pojawiła się egzema. Latem 1807 roku, w wyniku pogorszenia sytuacji finansowej, rodzina przeniosła się z Polygonu do Londynu, na ulicę Skinner Street 41.
W 1812 roku czternastoletnia Mary została wysłana do Szkocji. Zamieszkała u Williama Baxtera, szkockiego radykała, który korespondował z Godwinem i zaprosił jego córkę do siebie. Podczas samotnej, trwającej tydzień podróży statkiem, Mary cierpiała z powodu choroby morskiej, została okradziona i trafiła do Dundee bez żadnego zaplecza finansowego. Na miejscu trafiła do szkoły z internatem, która okazała się być jeszcze mniej przyjaznym miejscem niż przepełniony kłótniami dom rodzinny. W domu Baxterów Shelley zaprzyjaźniła się z córką Williama, Isabellą. 10 listopada 1812 roku wraca wraz z Christiną Baxter do Londynu na siedmiomiesięczny pobyt i tam następnego dnia Mary Godwin spotkała Percy’ego Bysshego Shelleya (1792-1822) i jego żonę Harriet. Odżywają dawne konflikty z Mary-Jane i jej córką. W czerwcu 1813 Godwin wysłał córkę z powrotem do Szkocji.