Opieką duszpasterską nad parafianami zajął się po śmierci proboszcza ksiądz Czesław Sibilski z Dopiewa. Jego posługa nie trwała długo. Hitlerowcy aresztowali go 21 stycznia 1940 roku i więzili najpierw w Forcie VII, później w Chludowie i Lublinie. Życie zakończył w więzieniu w Dachau, w którym zmarł 2 grudnia 1942 roku. Po aresztowaniu ks. Sibilskiego ówczesna dziedziczka Konarzewa Teresa Czartoryska poprosiła ks. Józefa Molskiego ze Skórzewa, aby co 2 tygodnie przyjeżdżał do Konarzewa i doprawiał Msze święte. 25 września 1940 roku z polecenia bpa Walentego Dymka przybył do Konarzewa nowy kapłan ks. Stanisław Waraczewski. Podczas próby śpiewów kościelnych 9 grudnia 1940 roku został wraz z młodzieżą aresztowany. Parafian po kilku dniach zwolniono, natomiast ks. Stanisław nie powrócił już do Konarzewa. Osadzono go najpierw w Forcie VII, a później wywieziono do Oświęcimia, gdzie zmarł 10 września 1941 roku. Po tym wydarzeniu duszpasterzował ponownie ks. Józef Molski ze Skórzewa. Aresztowano go 6 października 1941 roku i osadzono w Forcie VII, a następnie przewieziono do Dachau, w którym zginął 1 sierpnia 1942 roku.