Biblista i ekumenista Czajkowski był przede wszystkim biblistą, polem zainteresowań były Ewangelie synoptyczne i Apokalipsa. Zajmował się też rolą Biblii w duszpasterstwie oraz nowymi metodami biblijnymi. Dziełem pionierskim na skalę światową była jego książka o charakterze eksperymentalnym Egzystencjalna lektura Biblii (1993). Wyjaśnia w niej dlaczego potrzebna jest egzystencjalna lektura Biblii. Różnorodne skojarzenia i nadzieje egzystencjalne może wywoływać lektura Biblii. Powstała w końcu XIX wieku egzegeza historyczno-krytyczna prawie nie dostrzegała egzystencjalnych wartości Biblii. Zwrócił na nie uwagę Rudolf Bultmann, od którego Czajkowski jest po części zależny, ale wypracował własną oryginalną metodę. W Agendach liturgicznych (1994, 1995, 1996) komentuje teksty biblijne i za każdym razem usiłuje odtworzyć Sitz im Leben. Książka I Ty zrozumiesz Pismo Święte doczekała się kilkunastu pozytywnych recenzji. W książce tej przekonuje, że lekturę Biblii należy wspierać pewnym zasobem wiedzy.