Jako ekumenista koncentrował się na biblijnych podstawach ekumenizmu, o czym pisał wielokrotnie w swoich publikacjach. Był jednym z tłumaczy Ekumenicznego Przekładu Przyjaciół. Jest to prywatna inicjatywa ekumeniczna, której celem było zachęcenie Kościołów do utworzenia oficjalnego przekładu ekumenicznego. Zorganizował na ATK cztery sympozja ekumeniczne, współorganizował sympozja ekumeniczne ATK, ChAT-u i KUL-u. Jego zdaniem różnica pomiędzy katolikami a protestantami polega na tym, że katolicy wierzą w to, co Kościół uczy o Chrystusie, a protestanci wierzą tylko w to, co Biblia uczy.
Zaangażowany też był w dialog żydowski, co w jego przypadku również miało podłoże biblijne. Czajkowski pisał o nieodwracalności Starego Przymierza, o żydowskości Chrystusa. Wykazywał wielką troskę o przezwyciężenie drzemiących w polskim społeczeństwie stereotypów. Uważa, że wszelki antysemityzm jest zaprzeczeniem chrześcijaństwa i uderza w samego ChrystusaDialog Przymierza, Ks. Michał Czajkowski Dialog.org.. W 2018 roku ze względu na zaangażowanie w dialog chrześcijańsko-żydowski przyznano mu Nagrodę im. ks. Stanisława Musiała.