1. List Piotra i 1. List Klemensa do Koryntian informują o śmierci męczeńskiej za czasów cesarza Nerona. Klemens wspomina także o „zawiści i sporze” jako przyczynie męczeństwa Piotra i Pawła. Zapisane w tradycji wspólne męczeństwo apostołów należy uznać za błędne. Paweł również zginął za panowania Nerona, ale znacznie wcześniej – około 56 roku. Piotr zginął podczas prześladowań chrześcijan po Wielkim Pożarze Rzymu, który rozpoczął się 19 lipca 64 roku. Tradycyjnie męczeństwo Piotra apostoła datowane jest na dzień 29 czerwca 67. Biorąc jednak pod uwagę, że prześladowania po pożarze trwały prawdopodobnie nie dłużej niż kilka miesięcy, większość współczesnych badaczy przyjmuje, że Piotr zginął jesienią 64. Według hipotezy Margherity Guarducci jego egzekucja odbyła się w dniu 13 października 64. Miejscem śmierci, według Tertuliana był Cyrk Kaliguli na Ager Vaticanus. Zgodnie z przekazem Euzebiusza z Cezarei miał zostać ukrzyżowany głową w dół.