Jeszcze przed 25 maja Kanepi odpadła w 1 rundzie turnieju w Madrycie i turnieju Roland Garros. Do końca sezonu nie udało jej się już wygrać żadnego meczu w cyklu WTA. Tym sposobem sezon zakończyła już w siódmej dziesiątce rankingu WTA.
2010 rok zaczął się dla Estonki dużo lepiej – w Auckland sprawiła sensację eliminując rozstawioną z numerem 2 Chinkę Li Na. Potem przegrała z wracającą do dobrej formy Rosjanką Mariją Kirilenko 2:6, 3:6. W Hobart spotkała się w 1 rundzie z inną Chinką Zheng Jie rozstawioną z numerem 7 i przegrała po wyrównanym meczu 6:4, 3:6, 6:7. Pod koniec stycznia osiągnęła jeszcze 2 rundę wielkoszlemowego turnieju Australian Open pokonując Tajwankę Chan Yung-jan 7:6, 6:2 i przegrywając z rozstawioną z numerem 19 Rosjanką Nadieżdą Pietrową 4:6, 4:6. W lutym Kanepi zaprezentowała się z bardzo dobrej strony w Memphis osiągając ćwierćfinał. W Acapulco dotarła do 2 rundy, w 1 gromiąc reprezentantkę gospodarzy Alejandrę Granillo. W marcu Kanepi wzięła udział we wszystkich możliwych turniejach, ale tylko w Monterrey awansowała do 2 rundy. Mimo lepszej formy niż w drugiej połowie 2009 roku, Estonka wypadła z pierwszej 100. W kwietniu Kanepi odpuściła sobie starty w turniejach cyklu WTA i startowała z powodzeniem w turniejach mniejszej rangi. Dzięki dobrym występom wróciła do czołowej 100.