Dominuje fauna typowa dla afrykańskiej sawanny oraz świetlistych lasów podzwrotnikowych. Ze ssaków występują m.in.: antylopy (m.in. gnu, eland, kudu wielkie i małe, impala, gazele), bawoły afrykańskie, gepardy, lamparty, lwy, nosorożce czarne, słonie afrykańskie, zebry, żyrafy. W sąsiedztwie wód żyją hipopotamy. Z ptaków można zaobserwować m.in.: czaple, ibisy, marabuty, perlice, sekretarze, sępy. Ponadto w Kenii występuje bogata fauna bezkręgowców (zwłaszcza owadów).
Historia thumb|Pozostałości Fort Jesus
Początki osadnictwa sięgają paleolitu. Najdawniejszymi mieszkańcami Kenii są Buszmeni. Epoka żelaza nastała ok. I w. p.n.e., wraz z pierwszą migracją ludów Bantu. Prawie w tym samym czasie pojawili się Niloci i ludność pochodzenia kuszyckiego. Około X wieku nastąpiła druga fala migracji ludów Bantu i nilockich. Na przełomie XV i XVI w. do Jeziora Wiktorii dotarły ludy Luo z południowego Sudanu. W XVII-XVIII w. nastąpiła ekspansja Masajów, którzy toczyli liczne zwycięskie bitwy o bydło (głównie z Nandi). Najważniejsze rolnicze plemiona Bantu (Czagga, Embu, Kamba, Kikuju, Meru) tworzyły państwa klanowe. Plemiona te do połowy XIX w. pozostawały w niemal całkowitej izolacji. Wybrzeże Kenii uległo kolonizacji arabskiej i islamizacji w VII-X w.