Miasta-państwa (Mombasa, Malindi, Lamu, Pate) pozostawały w strefie wpływów sułtanatu Omanu. Miasta te rozwijały się dzięki handlowi kością słoniową, złotem, rogami nosorożca, ambrą oraz niewolnikami. Miasta handlowały z krajami arabskimi oraz Dalekim Wschodem. Rządzili Arabowie, przemieszani z czarną ludnością wybrzeża – byli oni bogatymi kupcami, zamożnymi rzemieślnikami oraz posiadaczami ziemskimi. Niższą warstwę tworzyła ludność afrykańska – służba domowa, rolnicy i niewolnicy.
Pod koniec XV w. do Kenii dotarli Portugalczycy, którzy w XVI i XVII w. zdominowali wybrzeże Kenii, zakładając bazy nadmorskie, administracyjnie podporządkowane Goa. Sojusznikiem Portugalczyków było Malindi, a największym przeciwnikiem Mombasa (odwieczny wróg Malindi). W 1593 roku Portugalczycy pokonali Mombasę i wznieśli Fort Jesus – największą fortecę w Afryce Wschodniej. W drugiej połowie XVIII w. zaostrzyła się rywalizacja pomiędzy Portugalczykami a Goa. Po 1746 roku nastąpił ponowny rozkwit Mombasy pod rządami dynastii Mazrui. Od 1836 roku do wybrzeża zaczęły docierać karawany handlowe plemienia Kamba. W połowie XIX w. do Kenii przybyli pierwsi podróżnicy i misjonarze z Wielkiej Brytanii (Joseph Thomson) i Niemiec (Johann Ludwig Krapf, ). Od 1820 roku flota brytyjska walczyła z handlarzami niewolników u wybrzeży Kenii.