W 1882 roku powstało Niemieckie Towarzystwo Kolonizacyjne oraz Brytyjskie Stowarzyszenie Afryki Wschodniej. Wykorzystując konflikty plemienne Brytyjczycy i Niemcy umacniali swoje wpływy w Kenii. Sojusznikiem Wielkiej Brytanii był m.in. wódz Masajów. W 1885 roku kraj Witu u ujścia rzeki Tany stał się posiadłością Cesarstwa Niemieckiego. W latach 1886–1895 Wielka Brytania i Niemcy zawarły wiele traktatów. Kenia znalazła się w strefie niemieckiej, a w 1890 roku Niemcy zrzekły się Witu w zamian otrzymując Helgoland. 1 lipca 1895 Anglicy stłumili tzw. rebelię Mazrui w Mombasie i okolicach oraz utworzyli Protektorat Afryki Wschodniej, która oprócz Kenii obejmował także Ugandę. W 1897 roku Brytyjczycy zaczęli podporządkowywać sobie tubylców na obszarze od Mombasy do Jeziora Wiktorii (do 1902 roku opór stawiali Nandi).
W latach 1895–1902 Brytyjczycy sprowadzili robotników z Indii do budowy linii kolejowej z Mombasy nad Jezioro Wiktorii. Po jej ukończeniu w Kenii pozostało ok. 6500 Hindusów, którzy zajęli się handlem, rzemiosłem lub objęli niższe stanowiska urzędnicze. Hindusi utworzyli warstwę pośrednią pomiędzy białymi kolonizatorami a afrykańską ludnością. W 1902 roku ziemie Kenii uznano za własność Korony brytyjskiej.