Państwo ogarnęła anarchia, a w społeczeństwie narastała irytacja z powodu przedłużającej się tureckiej okupacji. Muhammad Ali, młody oficer, zaczął tworzyć podstawy władzy, złożonej z lokalnych szejków, duchownych i bogatych kupców z Kairu. Dzięki sojuszowi z lokalnymi szejkami oraz ulemami Muhammad zyskiwał sobie coraz większe rzesze zwolenników. Po objęciu legalnie władzy nagrodził swych byłych sprzymierzeńców wpływowymi posadami, do których należało m.in. przedstawicielstwo we władzach miejskich lub przywództwo duchowe.
Gdy siły francuskie opuszczały Egipt w 1801 roku, ich miejsce zajęły, za zgodą Stambułu, siły brytyjskie. Do Egiptu powracały również siły mameluckie, zainteresowane ponownym przejęciem władzy. Wkrótce doszło do konfliktów pomiędzy starszyzną mamelucką a Turkami. W 1801 roku zgromadzonym na dziedzińcu kairskiej cytadeli mamelukom odczytano sułtańskie orędzie, które głosiło amnestię oraz gwarantowało utrzymanie włości przez starych właścicieli. Po tej ceremonii Turcy niespodziewanie otwarli ogień do mameluków zabijając większość spośród zgromadzonych. Zaniepokojeni tym incydentem Brytyjczycy wymusili zwolnienie z więzień opozycjonistów. Mamelucy, świadomi zagrożenia, zaczęli koncentrować swe siły w Górnym Egipcie.