Nowym paszą Egiptu został Muhammad Chusrew. W 1803 roku, na mocy pokoju z Amiens między Francją a Wielką Brytanią, wojska angielskie opuściły Egipt. Trzecia część kraju kontrolowana była przez siły podporządkowane Chusrewowi. Jednak skonfliktowane środowisko mameluckie nie potrafiło dojść do porozumienia i opracowania wspólnej polityki zarządzania państwem. Powstało wśród nich kilka zwalczających się nawzajem frakcji.
W tym samym roku nieopłacana gwardia albańska Muhammada zbuntowała się. Zaatakowano Chusrewa, który musiał ratować się z Kairu ucieczką. Muhammad zawarł krótkotrwały sojusz z jednym z przywódców mameluckich. Wspólnymi siłami Muhammad Chusrew został pojmany i uwięziony. Kolejny pasza przysłany na polecenie Stambułu został pochwycony i stracony. Wszystkie te działania niewątpliwie wskazują na rodzącą się świadomość narodową Egipcjan, jako narodu będącego pod okupacją Turków. Muhammad działał w tym czasie na dwa fronty: starał się być lojalny wobec Stambułu (jego gwardia była opłacana z pieniędzy mameluków), ale zarazem dążył do zdobycia pełni władzy.