Jego działania obejmowały: monitoring, polegający na regularnych i porównywalnych kontrolach w znanych i potencjalnych stanowiskach występowania. W 2009 roku wykonano pełną ogólnopolską inwentaryzację liczebności i rozmieszczenia wodniczki w Polsce. wykup terenów, na których występuje wodniczka, i tworzenie tam rezerwatów ornitologicznych. Pierwszy tego typu społeczny rezerwat powstał już w 1993 roku na 177 ha podmokłych łąk na Kępie Karsiborskiej u ujścia Odry. W rezerwatach jest prowadzona gospodarka zapobiegająca niepożądanemu zarastaniu wysoką roślinnością: wypas zwierząt i koszenie łąk lub trzcinowisk. W ramach projektu wprowadzono specjalnie zaprojektowane prototypy kosiarek, będące odpowiednio przystosowanymi ratrakami na gąsienicach. Są one w stanie skosić 5–10 hektarów dziennie, wraz z zebraniem pokosu, usuwają też krzewy. Ponadto podjęto działania mające na celu przywrócenie prawidłowych stosunków wodnych. W związku z programem ochrony wodniczki OTOP zakupił ok. 1000 ha podmokłych łąk na terenie i w pobliżu Biebrzańskiego Parku Narodowego. W sumie powstały liczące łącznie 42 tys.