Wcześniej aplikacje dla MS-DOS nie mogły być sterowane za pomocą myszy; stało się to możliwe wraz z Windows 3.1. Dodano Object Linking and Embedding (OLE) celem umożliwienia osadzania, za pomocą metody przeciągnij i upuść (), obrazów i sformatowanego tekstu między programami Windows. W tej wersji dodano także wsparcie dla kolorów w SVGA.
Menedżer plików również otrzymał poprawki; wprowadzono tryb podzielonego widoku, dzięki czemu użytkownicy nie musieli otwierać oddzielnych okien do przeglądania plików, natomiast dane mogły być przeciągane i upuszczane w innych miejscach w systemie. Dodano opcję szybkiego formatowania dyskietek i kopiowania zapisanych na nich plików bez konieczności wyłączania Windows. Menedżer plików jest aplikacją typu Multi Document Interface (MDI) używaną do przenoszenia, usuwania i zarządzania plikami w systemie. Microsoft stworzył także Microsoft Bob, narzędzie które działałoby jako asystent wyszukiwania w Windows 3.1 jednak wydane dopiero dla Windows 95 w 1995 roku. Pojawienie się Rejestru, scentralizowanej bazy danych przechowującej informacje o konfiguracji i ustawień dla różnych komponentów systemowych i aplikacji również nastąpiło w tej wersji Windows. Zmiany nastąpiły również w Panelu sterowania;