jego aplety zostały zakodowane na stałe, z kolei nowe mogły zostać dodane poprzez umieszczenie plików . Podobnie aplikacja Kalendarz używa plików o rozszerzeniu . Zadania zarządzaniem drukarką przeniesiono do Panelu sterowania i Menedżera wydruku. Ulepszono wiele sterowników drukarek w Windows 3.1, czyniąc Menedżera wydruku bardziej wydajnym. Windows 3.1 posiada także narzędzia diagnostyczne i do rozwiązywania problemów, takie jak Dr. Watson, który zapisuje informacje o błędach aplikacji czy Microsoft Diagnostics.
Windows 3.1 zawiera także dodatki; w listopadzie 1992 roku, w odpowiedzi na technologię QuickTime autorstwa Apple pojawiło się Video for Windows. Za cenę ówczesnych dwustu dolarów oprogramowanie oferowało funkcje edytowania i kodowania. Zostało ono później wbudowane w Windows 95. Microsoft opublikował również Windows for Pen Computing, interfejs powiązany z akcesoriami typu rysik, powstały w odpowiedzi na PenPoint OS autorstwa GO Corporation. Środowisko operacyjne otrzymało również ograniczoną kompatybilność z ówcześnie nowym 32-bitowym Windows API za pomocą technologii Win32s. Microsoft dostarczył także WinG, interfejs programistyczny, celem nakłonienia twórców oprogramowania do przejścia z DOS do Windows.