Windows 3.1 for Central and Eastern Europe thumb|upright=0.8|Opakowanie detaliczne japońskiej wersji językowej systemu Windows 3.1 Specjalna wersja systemu, nazywana „”, wprowadziła do Windows 3.1 jedenaście języków. Oferowała także obsługę cyrylicy. Wersja ta była wymagana do korzystania z terminologii występującej w językach czeskim, węgierskim i polskim, natomiast do używania terminologii rosyjskiej wymagana była rosyjska wersja systemu Windows 3.1. Podobnie, Microsoft wydał Windows 3.1J z obsługą języka japońskiego, który w ciągu pierwszego roku (1993) sprzedał się w Japonii w liczbie 1,46 miliona kopii.
Modular Windows Modular Windows powstał dla elektroniki użytkowej czasu rzeczywistego i został zaprojektowany do sterowania za pomocą telewizji. Była to specjalna wersja Windows 3.1, przystosowana do uruchamiania na Tandy Video Information System; pozwalała użytkownikom uruchamianie programów multimedialnych bez konieczności kupowania komputera. Zawierała również software development kit (SDK) dla programistów do tworzenia aplikacji, które pracowałyby z urządzeniami posiadającymi Modular Windows. SDK sprzedawane było za 99 dolarów. W 1994 roku wycofano Modular Windows.