Oferował także niezależny od urządzenia interfejs do sprzętu graficznego i drukarek, dając programom możliwość odczytu oraz zapisu do WinGDC.
W przeciwieństwie do wszystkich poprzednich wersji, Windows 3.1 nie mógł pracować w trybie rzeczywistym przez co potrzebował procesora 80286 lub nowszego. W związku z tym zwiększono ilość dostępnej pamięci. Podczas gdy Windows 3.0 został ograniczony do maksymalnie 16 MB pamięci, Windows 3.1 w trybie rozszerzonym 386 mógł teoretycznie uzyskać dostęp do 4 GB, praktycznie do 256 MB. Tak jak jego poprzednicy, działa jako system 16-bitowy; Windows 3.1 jest również ostatnim z systemów Windows pracujących w trybie 16-bitowym. Jest także pierwszym wydawanym na nośniku CD-ROM. Uproszczono interfejs instalatora; wprowadzono tryb ekspresowy do automatycznego zainstalowania i skonfigurowania Windows. Windows 3.1 posiada też aplet przewodnika dla użytkowników pragnących poznać interfejs użytkownika systemu. System obsługiwał również standard Advanced Power Management (zaawansowanego zarządzania energią).