Melchior – najmłodszy z rodzeństwa – urodził się w Kalużycach 10 stycznia 1892 (26 grudnia 1891 według kalendarza juliańskiego). Rodziców właściwie nie znał – ojciec Melchiora zmarł już w dwa miesiące po narodzinach syna, matka umarła w 1895, kiedy jej najmłodszy syn miał trzy lata. Po śmierci matki decyzją „rady familijnej” Melchior został oddany na wychowanie do majątku babki na Kowieńszczyźnie, co tak później opisał we wspomnieniowej książce Szczenięce lata, wydanej w 1934:
thumb|Melchior Wańkowicz (ok. 1911) W 1903 został wysłany na naukę do Gimnazjum Pawła Chrzanowskiego (obecnie XVIII Liceum Ogólnokształcące im. Jana Zamoyskiego w Warszawie). Wcześnie zaangażował się w działalność polityczną. W 1905 wziął udział w strajku szkolnym, a w 1907 wstąpił do konspiracyjnej Trójzaborowej Organizacji Narodowej Młodzieży Szkół Średnich „Przyszłość”, popularnie określanej jako „Pet”; wraz ze Związkiem Młodzieży Polskiej „Zet” organizacja ta była podporządkowana Lidze Narodowej. W latach 1909–1910 Wańkowicz był sekretarzem generalnym „Pet-u”;