Po zwycięstwie Ariela Szarona w wyborach na premiera w 2001 roku partia weszła w skład koalicji rządowej (Rządu Jedności Narodowej), a jej lider Rechawam Ze’ewi został ministrem turystyki, a szef Jisra’el Betenu, Awigdor Lieberman – ministrem infrastruktury narodowej. Gdy Ze’ewi został zamordowany przez Palestyńczyków 17 października 2001 roku, Binjamin Elon (z Moledet) zastąpił go, podczas gdy Lieberman został szefem całego sojuszu. mały|201x201px|Becalel Smotricz – przewodniczący Unii Narodowej Przed wyborami 2003 roku Herut – Ruch Narodowy postanowił wyjść z sojuszu. Jednak od 2003 roku Unia Narodowa tworzyć zaczęła wspólne listy wyborcze z Tekumą (Ha-Ichud Ha-Leumi-Tekuma). Po otrzymaniu 7 mandatów parlamentarnych Unia została włączona w skład drugiej koalicji rządowej Szarona, wraz z Likudem, Szinui, Narodową Partią Religijną oraz Jisra’el ba-Alijja. Elon i Lieberman objęli resorty odpowiednio: turystyki i transportu. Z powodu sprzeciwu wobec likwidacji osiedli żydowskich w Strefie Gazy (głównie dlatego, że członek Tekumy Cewi Hendel mieszkał w osiedlu Gusz Katif), ministrowie Unii Narodowej Elon i Lieberman zostali zdymisjonowani. Ten pierwszy usiłował uniknąć swego losu i zagłosować na forum zebrania rady ministrów przeciwko planowi Szarona, uciekając uprzednio przed doręczycielem z aktem odwołania.