W 1418 prawa miejskie otrzymała Łomża, w 1425 Kolno, a w 1427 Nowogród i Przasnysz. W 1495 Zagajnica stała się częścią księstwa czersko-warszawskiego. Mamy poświadczenia pobytu w Puszczy na łowach lub odpoczynku książąt Bolesława i Janusza, synów Janusza I, następnie Konrada III Rudego, księżnej Anny z synami i Janusza III. mały|Ols w pobliżu wsi Olszewka

Wieki XVI–XVIII Od połowy XVI wieku klimat zmieniał się w kierunku kontynentalnego, co spowodowało ochłodzenie z apogeum w II połowie XVII wieku. Ocieplenie nastąpiło na początku XVIII wieku, co wpłynęło na częste powodzie. Warunki te sprawiały, że w okresie nowożytnym zmieniał się skład fauny i flory Puszczy Zielonej.

Po śmierci Janusza III (1526) księstwo mazowieckie z Puszczą Zagajnicą inkorporowano do Korony. Stał się własnością królów polskich jako część województwa mazowieckiego oraz ziem: ciechanowskiej i łomżyńskiej. W każdej ziemi przedstawicielem króla była starosta. Lasy nie były karczowane. Puszcza, która liczyła wówczas około 1900 km²W. Majewski, Kurpie w walkach o niepodległość od Potopu do Baru, „Zeszyty Naukowe Ostrołęckiego Towarzystwa Naukowego”, 12 (1998), s. 5., zaczęła być coraz bardziej eksploatowana i zasiedlana w celu zwiększenia dochodu z dóbr. W tym zakresie zasłużyli się: królowa Bona, która do 1556 rozwijała starostwo ostrołęckie, a także starostwie łomżyńscy Radziejowscy (I połowa XVII wieku). W 1542 prawa miejskie nadano Chorzelom.