Nie akcentowała jedności pod przywództwem politycznym papieża ani nie była nastawiona na stworzenie jednolitej monarchii chrześcijańskiej.
Nowożytność W XVI i XVII w., wraz z reformacją, wojnami religijnymi i kontrreformacją, nastąpił koniec idei jedności chrześcijańskiej Europy. W tym okresie powstał nowożytny system państw, opierający się na zasadzie suwerenności. Państwa europejskie zaczęły zawierać sojusze z Imperium Osmańskim, kończąc z ideą zjednoczonego chrześcijaństwa podczas krucjat. Zasada Cuius regio, eius religio („czyja władza, tego religia”), sformułowana po raz pierwszy w pokoju augsburskim (1555), a potwierdzona pokoju westfalskim (1648), odrzucała ideę uniwersalizmu religijnego rozciągniętego na sferę polityczną.
Ostatnie odniesienie do res publica christiana w oficjalnym dokumencie państwowym znalazło się w akcie pokoju utrechckiego (1713). W nowożytnym systemie państw idea wspólnej tożsamości chrześcijańskiej została stopniowo zastąpiona świecką ideą „cywilizowanych narodów”.