są ogólnie kojarzone jako najlepsza dekada AEKu, głównie ze względu na to, iż w czternaście lat (1988–2002) AEK sięgnął po dwanaście tytułów, na które składają się cztery mistrzostwa i tyle samo pucharów, dwa superpuchary, jeden puchar ligi i jeden puchar śródziemnomorski.
2000 – obecnie AEK zdobył swój dwunasty puchar Grecji w 2000, pod wodzą Giannisa Pathiakakisa. Zespół pokonał w finale AO Ionikos 3:0, po bramkach ikony klubu Demisa Nikolaidisa, Milena Petkowa i Christosa Maladenisa. Nikolaidis został później nagrodzony przez FIFA nagrodą fair play, ponieważ poinformował sędziego, iż jedna z jego bramek została zdobyta przezeń ręką.
Klub kontynuował pasmo sukcesów, zajmując w roku 2002 ex aequo pierwsze miejsce w lidze z Olympiakosem Pireus, jednak rywale zza miedzy mieli lepszy stosunek bramkowy. Lecz w Pucharze Grecji AEK pokonał właśnie piłkarzy z Pireusu, sięgając po swój trzynasty taki tytuł.
Mimo sukcesów AEKu na boisku, ten okres został zapamiętany z powodu powrotu Dusana Bajevićia na stanowisko trenera latem roku 2002, głównie przez otwartą wrogość, jaką żywili do Serba najzagorzalsi fani ateńczyków.