Był to jak dotąd najlepszy okres AEKu w dziejach, licząc po trofeach. Ateńczycy osiągnęli także sukces na polu szkoleniowym, dając greckiej piłce wielu utalentowanych piłkarzy. W ich poczet zalicza się: Demisa Nikolaidisa, Christosa Kostisa, Vassilisa Tsiartasa, Christosa Maladenisa, Andreasa Zikosa i Michalisa Kasapisa. Demis Nikolaidis, od dzieciństwa kibic AEKu, oprócz oferty żółto-czarnych otrzymał bardzo lukratywne propozycje z Panathinaikosu i Olympiakosu, jednak odrzucił je i wybrał swój ukochany klub. W sezonach 1996/1997 i 1997/1998, AEK dwukrotnie osiągnął ćwierćfinał Pucharu Zdobywców Pucharów.
W roku 1999 były prezes klubu Dimitris Melissanidis zorganizował mecz towarzyski z drużyną Partizanu Belgrad w Belgradzie, podczas nalotów bombowych NATO w Serbii. W geście współczucia i solidarności wobec Serbów, piłkarze AEKu i sztab szkoleniowy zignorował nałożone na Serbię embargo i przybył do Belgradu na mecz. Spotkanie zakończyło się remisem 1:1, gdy w 60 minucie gry tysiące serbskich fanów wyszło na boisko, aby uściskać piłkarzy.
Lata 90.