AEK wygrał także Superpuchar Grecji, eliminując Panathinaikos po dogrywce.
Po sukcesach w roku 1989, AEK zbudował kolejny model silnej drużyny w swojej historii. Prowadzeni przez Steliosa Manolasa piłkarze, tacy jak Toni Savevski, Daniel Batista czy Giorgos Savvidis, zdominowali początek lat 90. w greckiej lidze, zdobywając trzy razy z rzędu krajowy czempionat – w roku 1992, 1993 i 1994.
AEK wygrał także jedyną w historii edycję greckiego pucharu ligi w 1990 oraz Puchar Śródziemnomorski w 1991 (pokonując OFI Kreta 1:0).
W sezonie 1994/1995 AEK był pierwszym greckim klubem, który wystąpił w fazie grupowej Ligi Mistrzów, pokonując w trzeciej rundzie eliminacji Rangers; AEK został wyeliminowany przez AC Milan i AFC Ajax, którzy potem zagrali ze sobą w finale. Z Michalisem Trochanasem na stanowisku prezesa i Dušanem Bajevićiem na ławie trenerskiej, zespół zdobył puchar Grecji 1996.
Następca Bajevićia, który odszedł do największych rywali z Olympiakosu Pireus, były piłkarz Petros Ravousis, poprowadził drużynę do jej drugiego triumfu w superpucharze Grecji (sierpień 1996), a rok później zdobył dla AEKu jedenasty puchar Grecji – oba trofea AEK osiągnął, pokonując po rzutach karnych Panathinaikos.