Zostawiono mu jedynie muszkiet i niewielką ilość prochu, nóż, podstawowe narzędzia ciesielskie, odzież, linę oraz Pismo Święte. Tymczasem obawy Selkirka okazały się słuszne, gdyż Cinque Ports zatonął niespełna miesiąc później, tracąc większość swej załogi, jednak Szkot nie mógł wtedy o tym wiedzieć.
Pobyt na wyspie mały|"Selkirk czytający swoją Biblię" - ilustracja z 1837 r. Alexander Selkirk żył w samotności na Más a Tierra przez cztery lata i cztery miesiące. Na początku spędzał większość czasu na wybrzeżu wyspy, poszukując pożywienia oraz wypatrując statku, który mógłby go uratować. Samotność i cierpienie szybko dały mu się we znaki, trapiły go również wyrzuty sumienia. Szkot żywił się głównie skorupiakami wyrzucanymi na brzeg oraz niewielkimi rybami. W końcu Selkirk przeniósł się w głąb wyspy z powodu kolonii uchatek, które w okresie godowym zajęły plaże i stwarzały zagrożenie dla jego życia.