Studia Wells trafił następnie do szkoły średniej w Midhurst prowadzonej przez Horacego Byatta, gdzie uczył się już wcześniej łaciny podczas pracy w aptece. Tam został nauczycielem na stażu. W tym też czasie podnosił swe kwalifikacje pedagogiczne i w 1884 r. uzyskał roczne stypendium w „Kensington Normal School” w Londynie za świetne wyniki egzaminów. Studiował tam głównie biologię pod okiem Thomasa Huxleya, osiągając bardzo dobre oceny. Niestety nie stać go było na zamieszkanie w Londynie, więc zajmował ciasny i zimny pokoik w Westbourne Park, codziennie dojeżdżając lub gdy go nie było na to stać – docierał pieszo do szkoły. W następnym roku studiował fizykę, ale już nie z tak świetnymi wynikami. Następny rok studiował geologię, ale nie zdał egzaminów i w 1887 r. musiał opuścić szkołę. W tym czasie był także redaktorem w czasopiśmie studenckim „The Science School Journal”, gdzie ukazała się w 1888 jego pierwsza wersja późniejszego Wehikułu czasu.