Odtąd miasto nieprzerwanie przez ponad tysiąc lat było ośrodkiem wyrafinowanej, dworskiej kultury, raz tracąc, a raz zyskując rzeczywistą rolę stołeczną za sprawą zmieniających siedzibę siogunów, od 1192 r. rzeczywistych władców kraju.
Pierwszy okres rozkwitu miasta przypada na trzysta lat po założeniu, w szczególności w okresie dominacji rodu Fujiwara (tzw. właściwy okres Heian, X–XI w.).
Miasto w VIII w. zostało wzniesione na planie prostokąta o bokach 5 km (NS) i 4 km (WZ), pociętego regularną siatką ulic (teren obecnych dzielnic: Nakagyō-ku, Shimogyō-ku i Kamigyō-ku). Większe z nich zostały ponumerowane: północną granicą miasta była dzisiejsza Ichijō-dōri („Pierwsza ulica”), a południową – dzisiejsza Kujō-ōji („Dziewiąta aleja”). W układzie przestrzennym naśladowano starożytną chińską stolicę z okresu dynastii Tang, Chang’an (obecnie Xi’an), w zgodzie z tradycyjną chińską geomancją, z Pałacem Cesarskim położonym na północy i zwróconym na południe. Orientacja Pałacu jest przyczyną, dla której Sakyō-ku („Lewa Stolica”) jest na wschodzie, a Ukyō-ku („Prawa Stolica”) – na zachodzie.