Pierwotnie Pałac znajdował się na północ od zamku siogunów Nijō-jō, w obrębie którego wypadłby południowo-wschodni narożnik kompleksu. Sama siedziba cesarska składała się z ufortyfikowanego prostokąta Wielkiego Pałacu (Daidairi), w obrębie którego osiowo umieszczono zespół urzędowy Chōdō-in, na zachód od niego zespół recepcyjny Buraku-in, a na północ – Pałac Wewnętrzny (Dairi).
Oś Pałacu wyznaczała ulica, szeroka na 85 m Suzaku-ōjiSuzaku to imię bóstwa opiekuńczego Południa, występującego w mitologii pod postacią ptaka., rozpoczynająca się od bramy Suzaku-mon Wielkiego Pałacu, a zamknięta od południa bramą Rashō-mon (przy Kujō-ōji). Dzisiaj śladem tej ulicy biegnie Sen-bon-dōri. Pozostałością dawnego układu jest świątynia Tō-ji, czyli „wschodnia”, choć leży ona na zachód od dzisiejszej głównej osi miasta. Miasto pełne było świątyń buddyjskich i chramów shintō, pałaców i rezydencji otoczonych ogrodami. W XII w. Kioto liczyło prawie pół miliona mieszkańców.
Pałac Cesarski ulegał często pożarom. Po opuszczeniu przez monarchę w 1177 r., popadł w ruinę i nie zachował się. Z czasem również układ przestrzenny Heian-kyō uległ zatarciu.