Hideyoshiego, kampaku (regenta), czci się do dzisiaj w specjalnie wzniesionym w 1599 – obok Hōkō-ji – chramie Toyokuni-jinja (inaczej Hōkoku-jinja).
Żadna z rezydencji Hideyoshiego – ani miejska, ani podmiejska – nie przetrwała (resztki wyposażenia Jurakudai zachowały się w świątyni Nishi Hongan-ji). Wielki posąg Buddy został zniszczony w trzęsieniu ziemi. Tym niemniej, jego panowaniu miasto zawdzięcza wiele ze swojego obecnego ukształtowania.
Okres Edo W latach 1601–1629 Ieyasu Tokugawa, który mianował się siogunem w 1603, zbudował ufortyfikowaną rezydencję, Nijō-jō, ale rzadko pokazywał się w Kioto, obrawszy za swoją stolicę Edo.
Ostatnia wizyta sioguna miała miejsce w 1634, po czym nikt nie pojawił się w stolicy cesarskiej przez następne 220 lat. Kioto pozostawało siedzibą dworu cesarskiego, liczącego około 200 rodzin, mieszkających w obrębie parku cesarskiego Sentō Gosho. Cesarz i dwór byli wystarczającą siłą, aby miasto było nadal ważnym ośrodkiem sztuki, rzemiosła artystycznego i kultury dworskiej.